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ストーリー部分の大筋は，ベースとなる「サン・ムーン」と同じであり，プレイヤーはヒロインのリーリエや友人のハウとともに，「ポケモン」シリーズの新天地「アローラ地方」を舞台に4つの島を巡る「島めぐり」をしながら，ポケモントレーナーとして成長するための旅をしていく。
　アローラ地方にはポケモンジムが存在せず，ジムリーダーに挑んでバッジを手にしていくという過程も本作にはない。その代わりに4つの島に住んでいる「キャプテン」や「しまキング・しまクイーン」といった人物達から課せられる「試練」に挑んでいくことが，一人前のトレーナーになるための儀式となるのである。